საქართველოს ეროვნულ არქივში საარქივო ფონდის დოკუმენტები ფონდებად და კოლექციებადაა დახარისხებული. დოკუმენტები მოთავსებულია ყუთებსა და შენაკრავებში, რომლებიც  ინახება ცენტრალური საისტორიო არქივის ხუთ  სართულზე განლაგებულ  საცავებში დამონტაჟებულ  500-მდე ,,სტელაჟზე’’. ძველ საბუთთა განყოფილების დოკუმენტებისათვის ცალკეა გამოყოფილი საცავის ნაწილი;

ეროვნული საარქივო ფონდის დოკუმენტების დაცვის უზრუნველყოფისა და აღრიცხვის განყოფილების მოვალეობაა შემდეგი სამუშაოთა კომპლექსის შესრულება: დოკუმენტების დაცვის ოპტიმალური პირობების შექმნა; დოკუმენტების განლაგება საცავში და მათი ტოპოგრაფირება; საცავებიდან მკვლევარებისა და თანამშრომლებისათვის საქმეების გაცემა-დაბრუნება; საქმეთა არსებობისა და მდგომარეობის შემოწმება; განსაკუთრებულად ღირებულ დოკუმენტთა სადაზღვევო ფონდისა და სარგებლობის ფონდის შექმნა; დოკუმენტების ფიზიკური დაცვის უზრუნველყოფა და საქმეთა მომზადება სარესტავრაციო ლაბორატორიაში გადასაცემად;

განყოფილების საქმიანობის განუწყვეტელი პროცესია საქმეთა არსებობისა და მდგომარეობის შემოწმება მიღებული შედეგების სააღრიცხვო დოკუმენტებში აღნიშვნით.  ყოველწლიურად საცავებიდან მკვლევართა დარბაზში  და თანამშრომლებისთვის საშუალოდ 45000 შესანახი ერთეული გაიცემა. ამ რაოდენობის დოკუმენტების საცავებიდან გაცემა-ჩაბარება მნიშნვნელოვან დაკვირვებას და დიდ პასუხისმგებლობას მოითხოვს;

ეროვნული საარქივო ფონდის დოკუმენტების დაცვის უზრუნველყოფა განვითარების თანამედროვე მოთხოვნების გათვალისწინებით მათ ელექტრონულ მატარებლებზე გადატანას გულისხმობს.  ამის გათვალისწინებით აქტიურად ინერგება აღწერებისა და ნუსხების ელექრტონული  ვერსიების შექმნა, მიმდინარეობს დიგიტალიზაციის პროცესი.